May 15, 2023
ctDNA를 사용하여 TRACERx에서 초기 폐암 전이성 전파 추적
자연 616권, 페이지
Nature 616권, 553~562페이지(2023)이 기사 인용
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측정항목 세부정보
순환 종양 DNA(ctDNA)는 완치 목적 치료 후에도 지속되는 잔여 종양 세포를 검출하고 프로파일링하는 데 사용될 수 있습니다1. 초기 단계 비소세포폐암(NSCLC)에서 재발의 계통발생적 바이오마커로서 ctDNA의 역할을 결정하려면 세로 혈장 샘플링과 확장된 추적 조사를 통합한 대규모 환자 코호트에 대한 연구가 필요합니다. 여기에서 우리는 TRACERx 연구에 등록한 197명의 환자로부터 수집한 1,069개의 혈장 샘플에 걸쳐 절제된 NSCLC 조직에서 확인된 200개의 돌연변이의 중앙값을 추적하는 ctDNA 방법을 개발했습니다2. 수술 전 ctDNA 검출이 부족하여 생물학적으로 무통성인 폐 선암종이 좋은 임상 결과로 구별되었습니다. 수술 후 혈장 분석은 표준 치료 방사선학적 감시 및 세포독성 보조제 요법의 투여 맥락 내에서 해석되었습니다. 수술 후 120일 이내에 수집된 혈장 샘플에 대한 랜드마크 분석 결과, 임상적 재발을 경험한 전체 환자의 49%를 포함해 25%의 환자에서 ctDNA가 검출된 것으로 나타났습니다. 3~6개월간 ctDNA 감시를 통해 랜드마크 음성 환자의 추가 20%에서 질병 재발이 임박한 것으로 확인되었습니다. 우리는 낮은 ctDNA 수준에서 서브클론 구조를 비침습적으로 추적하기 위한 생물정보학 도구(ECLIPSE)를 개발했습니다. ECLIPSE는 불량한 임상 결과와 관련된 다클론성 전이성 파종 환자를 식별했습니다. 수술 전 혈장에서 서브클론 암 세포 분율을 측정함으로써 우리는 미래 전이를 뿌릴 서브클론이 비전이성 서브클론에 비해 훨씬 더 확장되었음을 발견했습니다. 우리의 연구 결과는 (신)보조 시험의 발전을 뒷받침하고 낮은 ctDNA 수준의 액체 생검을 사용하여 전이성 전파 과정에 대한 통찰력을 제공할 것입니다.
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이 연구 중에 사용되거나 분석된 cfDNA 시퀀싱 파일, RNA-seq 데이터 및 다중 영역 종양 엑솜 시퀀싱 데이터(각 경우 TRACERx 연구의 경우)는 유럽 생물정보학 연구소(European Bioinformatics Institute)가 주최하는 유럽 게놈-페놈 아카이브(EGA)에 기탁되었습니다. (EBI) 및 게놈 규제 센터(CRG)는 가입 코드 EGAS00001006494, EGAS00001006517 및 EGAS00001006494에 따라 데이터 및 상업적 파트너십 계약의 특성으로 인해 접근이 통제됩니다. 액세스 신청 방법에 대한 자세한 내용은 링크된 페이지에서 확인할 수 있습니다.
ECLIPSE는 학술적 비상업적 연구 목적으로만 사용할 수 있는 github(https://github.com/amf71/ECLIPSE)에서 설치할 수 있는 R 패키지로 제공됩니다. 이 백서의 수치를 생성하는 데 사용된 코드는 요청 시 제공됩니다.
Moding, EJ, Nabet, BY, Alizadeh, AA & Diehn, M. 고형 종양의 액체 잔존물 검출: 순환 종양 DNA 최소 잔존 질환. 암 발견. 11, 2968~2986(2021).
기사 CAS PubMed PubMed Central Google Scholar